问题： 海员外派机构/船员服务机构能否将船员证书扣留在公司？

答案： 不能扣留。根据《中华人民共和国海船船员适任考试和发证规则》规定：除海事管理机构依法实施外，任何机构和个人不得以任何理由扣留或者吊销船员适任证书。另外海船船员所有证书都可以个人申请办理，而不一定需要通过船员服务机构或公司办理。如委托船员服务机构办理，务必要选择有资质的船员服务机构，并签署服务协议，以免造成不必要的损失。所有有资质的船员服务机构，都可以在中国海事局官方网站上进行确认。请不要轻信无资质的非法中介，以免个人合法权益遭到侵害。