设立4个海巡执法大队,分别为罗泾海巡执法大队、宝钢海巡执法大队、邮轮港海巡执法大队、海区海巡执法。
主要负责辖域内通航秩序管理、安全组织的现场维护和违反水上交通安全行为的查处;对责任区域内码头、船舶、船员实施常规性现场执法,包括但不限于船舶安全检查、船舶现场监督、现场规费稽查、水域现场巡视和水上水下工程现场监督管理。负责落实巡航搜救一体化建设要求,开展海上交通事故和污染事故的现场处置和搜寻救助。在综合业务处的指导下开展隐患排查治理、季节性管理和专项执法活动。各海巡执法大队的轮艇接受指挥中心的统一调配。