主要负责所辖水域通航秩序管理、安全组织工作和违反水上交通安全行为的查处;对责任区域内码头、船舶、船员实施常规性现场执法,包括但不限于船舶安全检查、船舶现场监督、现场规费稽查、水域现场巡视和水上水下工程现场监督管理。负责落实巡航搜救一体化建设要求,开展海上交通事故和污染事故的现场处置和搜寻救助。在综合业务处的指导下开展隐患排查治理、季节性管理和专项执法活动。
根据海巡执法大队实施现场综合执法、具体实施管辖水域的水上交通安全监管工作等的职责要求,以及吴淞海事局辖区水域管理特点和管理重点划分,在辖区水域内成立五个执法大队,分别为张华浜海巡执法大队、吴淞口海巡执法大队、深水航道海巡执法大队、绿华山海巡执法大队、海区海巡执法大队,实施现场监管综合执法。